spark小文件过多问题记录

1.问题描述

1.最近使用spark sql执行etl时候出现了,最终结果大小只有几百k,但是小文件一个分区有上千的情况。

  危害:hdfs有最大文件数限制;
       浪费磁盘资源(可能存在空文件)。
       hive中进行统计,计算的时候,会产生很多个map,影响计算的速度。

2.解决流程

1.设想:通过spark的coalesce()方法和repartition()方法
       val rdd2 = rdd1.coalesce(8, true) (true表示是否shuffle)
       val rdd3 = rdd1.repartition(8)

  coalesce:coalesce()方法的作用是返回指定一个新的指定分区的Rdd。
  如果是生成一个窄依赖的结果,那么可以不发生shuffle。
  分区的数量发生激烈的变化,计算节点不足,不设置true可能会出错。
  
  repartition:coalesce()方法shuffle为true的情况。
  
  但是由于使用的是同事直接写好的模块,改新增函数相对比较麻烦,所以作为后手。
  
2.设想:降低spark并行度,即调节spark.sql.shuffle.partitions
 
  比如之前设置的为100,按理说应该生成的文件数为100;
  但是由于业务比较特殊,采用的大量的union all,且union all在spark中属于窄依赖,
  不会进行shuffle,所以导致最终会生成(union all数量+1)*100的文件数。
  如有10个union all,会生成1100个小文件。
  这样导致降低并行度为10之后,执行时长大大增加,且文件数依旧有110个,效果不理想。
   
3.设想:新增一个并行度=1任务,专门合并小文件。
    
  于是先将原来的任务数据写到一个临时分区(如tmp);
  再起一个类似于‘insert overwrite 目标表 select * from 临时分区’的任务(并行度为1);
  但是结果小文件数还是没有减少,略感疑惑;
  经过多次测试及推测,原因为:‘select * from 临时分区’ 这个任务在spark中属于窄依赖;
  (spark DAG中分为宽依赖和窄依赖,只有宽依赖会进行shuffle);
  故并行度shuffle,spark.sql.shuffle.partitions=1也就没有起到作用;
    
4.设想(基于3):让合并小文件的任务进行shuffle,且并行度=1
   
  由于数据量本身不大,且字段不多,所以直接采用了group by(在spark中属于宽依赖)的方式;
  类似于‘insert overwrite 目标表 select * from 临时分区 group by *’
  ‘dfs -rmr 目标表/分区=tmp’先删除了原分区及临时分区目录,以免影响测试结果
  (其实,insert overwrite是先删后增的逻辑,不会影响结果)
  先运行原任务,写到tmp分区,‘dfs -count’查看文件数,1100个;
  运行加上group by的临时任务(spark.sql.shuffle.partitions=1);
  查看结果目录,文件数=1,成功;
  最后又加了个删除tmp分区的任务;

2.结论

1.方便的话,可以采用coalesce()方法和repartition()方法

2.如果任务逻辑简单,数据量少,可以直接降低并行度

3.任务逻辑复杂,数据量很大,原任务大并行度计算写到临时分区,再加两个任务:
  一个用来将临时分区的文件用小并行度(加宽依赖)合并成少量文件到实际分区;
  另一个删除临时分区;
  
4.hive任务减少小文件相对比较简单,可以直接设置参数,如:

  Map-only的任务结束时合并小文件:
  sethive.merge.mapfiles = true
  
  在Map-Reduce的任务结束时合并小文件:
  sethive.merge.mapredfiles= true
  
  当输出文件的平均大小小于1GB时,启动一个独立的map-reduce任务进行文件merge:
  sethive.merge.smallfiles.avgsize=1024000000