spark小文件过多问题记录
1.问题描述
1.最近使用spark sql执行etl时候出现了,最终结果大小只有几百k,但是小文件一个分区有上千的情况。
危害:hdfs有最大文件数限制;
浪费磁盘资源(可能存在空文件)。
hive中进行统计,计算的时候,会产生很多个map,影响计算的速度。
2.解决流程
1.设想:通过spark的coalesce()方法和repartition()方法
val rdd2 = rdd1.coalesce(8, true) (true表示是否shuffle)
val rdd3 = rdd1.repartition(8)
coalesce:coalesce()方法的作用是返回指定一个新的指定分区的Rdd。
如果是生成一个窄依赖的结果,那么可以不发生shuffle。
分区的数量发生激烈的变化,计算节点不足,不设置true可能会出错。
repartition:coalesce()方法shuffle为true的情况。
但是由于使用的是同事直接写好的模块,改新增函数相对比较麻烦,所以作为后手。
2.设想:降低spark并行度,即调节spark.sql.shuffle.partitions
比如之前设置的为100,按理说应该生成的文件数为100;
但是由于业务比较特殊,采用的大量的union all,且union all在spark中属于窄依赖,
不会进行shuffle,所以导致最终会生成(union all数量+1)*100的文件数。
如有10个union all,会生成1100个小文件。
这样导致降低并行度为10之后,执行时长大大增加,且文件数依旧有110个,效果不理想。
3.设想:新增一个并行度=1任务,专门合并小文件。
于是先将原来的任务数据写到一个临时分区(如tmp);
再起一个类似于‘insert overwrite 目标表 select * from 临时分区’的任务(并行度为1);
但是结果小文件数还是没有减少,略感疑惑;
经过多次测试及推测,原因为:‘select * from 临时分区’ 这个任务在spark中属于窄依赖;
(spark DAG中分为宽依赖和窄依赖,只有宽依赖会进行shuffle);
故并行度shuffle,spark.sql.shuffle.partitions=1也就没有起到作用;
4.设想(基于3):让合并小文件的任务进行shuffle,且并行度=1
由于数据量本身不大,且字段不多,所以直接采用了group by(在spark中属于宽依赖)的方式;
类似于‘insert overwrite 目标表 select * from 临时分区 group by *’
‘dfs -rmr 目标表/分区=tmp’先删除了原分区及临时分区目录,以免影响测试结果
(其实,insert overwrite是先删后增的逻辑,不会影响结果)
先运行原任务,写到tmp分区,‘dfs -count’查看文件数,1100个;
运行加上group by的临时任务(spark.sql.shuffle.partitions=1);
查看结果目录,文件数=1,成功;
最后又加了个删除tmp分区的任务;
2.结论
1.方便的话,可以采用coalesce()方法和repartition()方法
2.如果任务逻辑简单,数据量少,可以直接降低并行度
3.任务逻辑复杂,数据量很大,原任务大并行度计算写到临时分区,再加两个任务:
一个用来将临时分区的文件用小并行度(加宽依赖)合并成少量文件到实际分区;
另一个删除临时分区;
4.hive任务减少小文件相对比较简单,可以直接设置参数,如:
Map-only的任务结束时合并小文件:
sethive.merge.mapfiles = true
在Map-Reduce的任务结束时合并小文件:
sethive.merge.mapredfiles= true
当输出文件的平均大小小于1GB时,启动一个独立的map-reduce任务进行文件merge:
sethive.merge.smallfiles.avgsize=1024000000